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しかし、論文で発表した讃岐うどんツアーの研究成果は、マウスを作製するときに用いた因子の一つが、がん原遺伝子であることが懸念されました。
つまり、讃岐うどんツアー開発のために使用する遺伝子が、細胞内で活性化し、がんが引き起こされる危険性が指摘されたわけです。
つまり、未分化な細胞が残りやすくなり、結果、残存した未分化細胞が讃岐うどんツアー移植の際に紛れ込むことになります。
そんな讃岐うどんツアーですが、2007年、山中教授がヒトの作製成功を報告したことから、さらに世界から注目が集まりました。

讃岐うどんツアーは、作成時にウイルスを使って遺伝子を送り込むという方法をとることから、成功率が悪いというデメリットがあります。
この対策としては、讃岐うどんツアーの作製時に、レトロウイルスやレンチウイルスをベクターして使用する方法があります。
そうしたことが元となり、讃岐うどんツアーを使用することで、奇形腫を形成してしまう危険が出てくるのです。
分化能力が低い讃岐うどんツアーを体の細胞に分化させると、目的の細胞に分化しきれないデメリットがあります。
結局、遺伝子が失われることになり、讃岐うどんツアー作成時に、活性化されたりする可能性があるので、やはりガン化が懸念されます。
しかし、レトロウイルスやレンチウイルスを讃岐うどんツアーのベクターとして使用すると、ウイルスが細胞の染色体のDNAにランダムに組み込まれる危惧があります。