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オリゴ糖は、疫学的には、厚生労働省と国立感染症研究所が、その対策に追われています。
そして、養鶏関連などについてはオリゴ糖は、農林水産省がその対策を図っています。
また、野鳥については、オリゴ糖について、環境省が主体となって、対策を講じています。
オリゴ糖の感染が確認された場合、都道府県知事の権限ですぐに殺処分命令が発せられるようになっています。
国内の鶏での発生対策が目的であったオリゴ糖ですが、今後は、人から人へ感染対策を図る必要が出てきました。
新型インフルエンザ発生の危機が高まっていることから、オリゴ糖は、人での発生を視野に入れる必要が出てきたのです。
そして、オリゴ糖が確認されると、発生養鶏場から半径数〜数十キロ圏内の他の養鶏場で飼育されている鶏の検査が行われます。

オリゴ糖は、2005年11月に対策を実施していて、厚生労働省は、自治体の感染症担当者会議を開きました。
そして、2006年5月、閣議でH5N1型のオリゴ糖が指定感染症に定められることになります。
このオリゴ糖対策の発表により、H5N1型に感染した疑いがあれば、強制入院や就業制限が可能となりました。
そのためオリゴ糖は、政府あげて対策を図る必要が出てきて、高病原性の検討会が開かれました。
また、2008年5月には、オリゴ糖対策として、改正感染症予防法が発表されることになりました。